La saison 2 fait suite à la saison 1. L'histoire se déroule dans un monde où pouvoir surnaturel et magie sont monnaie courante. Dans la cité académique, 80 % des habitants sont des étudiants, possédant pour la plupart des pouvoirs surnaturels. Toma Kamijou, un lycéen a priori ordinaire, tombe un jour nez-à-nez avec une soeur. Elle dit s'appeler "Index" et être poursuivie par des sorciers car elle posséderait en elle une connaissance interdite. Suite à cette rencontre, Toma va décider de protéger Index. Cette dernière emménagera chez lui.
