Cette saison adapte la suite de l'arc Alicization. Après un âpre combat qui les a considérablement blessés, tant physiquement que mentalement, Alice et Kirito regagnent le village natal de la jeune femme en quête de solutions. Malheureusement, les agissements d'Administrator ont considérablement affaibli le monde des humains, désormais confronté à une menace implacable.
