Tokiha Mai et son jeune frère malade Takumi viennent d'être transférés à la prestigieuse école privée de Fuuka Gakuen. Pendant leur traversée en ferry pour se rendre à l'école, celui-ci devient un véritable champ de bataille entre 2 jeunes filles possédant des pouvoirs surnaturels. Mai apprend par la suite qu'elle fait partie de ces jeunes filles aux pouvoirs extraordinaires, les HiME (Highly-advanced Materializing Equipment).
