L'histoire se déroule avec Conan, Ai et les Détectives Boys, accompagnés du professeur Agasa, qui vont faire du camping près du Mont Fuji et sont invités suite à la rencontre de Mio Tokiwa à l'inauguration des deux tours jumelles de Nishitamashi dont elle est le propriétaire. Kogoro, Ran et Sonoko sont également invités. Cependant, d'étranges évènements semblent déranger Conan : A qui Ai téléphone-t-elle à des heures indiscrètes ? Quelle est la cause d'une série de meurtres touchant les participants à la construction de ces deux tours ? Et que font les Hommes en Noirs qui guettent à proximité ? Conan pense alors avoir retrouvé la trace des Hommes en Noirs... Il semble que ces derniers soient impliqués dans une série de meurtres sur des personnes ayant un lien avec les Tours Tokiwa... Ils pensent avoir enfin retrouvé la trace de Sherry...
