Agent N°6 est un homme amélioré travaillant pour l'organisation maléfique Kisaragi ! Un jour, ses deux supérieures lui confient une mission bien spéciale : explorer et conquérir un nouveau monde au nom de l'organisation. Il ne dispose alors que de quelques outils et d'une androïde nommée Alice, dotée d'un sale caractère. Dans ce nouveau monde assez proche d'un monde médiéval fantastique, Agent N°6 devient par la force des choses commandant d'une troupe assez atypique composée d'Alice l'androïde hautaine, d'une chimère timide, d'une prêtresse obscure narcoleptique, et de l'ancienne commandante déchue et colérique souhaitant tuer n°6.
