L'histoire se déroule dans un espace/temps où l'humanité a colonisé l'espace, et où de nombreuses colonies se sont établies un peu partout. La fin de cette colonisation marqua le début du calendrier AG (Advanced Generation). Alors que la paix règne, les colonies sont soudainement attaqués par d'étranges entités inconnues, surnommé par la suite les UE (Unknown Enemy) . Parmi leurs victimes se trouve la colonie Ovan. Flit Asuno, un jeune garçon, y perdra sa mère et sera l'un des seuls survivants.L'histoire début en 115 du calendrier AG. Flit a désormais 14 ans et vit dans une nouvelle colonie où il étudie. Toutefois, son passé le hante, dans ses rêves, et bientôt dans la réalité, puisque les UE attaquent la colonie ! Mais avant de mourir, sa mère lui avait confié un étrange portable, le AGE device, grâce auquel il a, avec l'aide de scientifiques, créer son propre mobile suit : un Gundam. Flit est désormais en mesure d'agir !
