Deux ans après la défaite de Ribbons Almark, les tensions restent encore fortes : Alors que Marina Ismail et Shirin Bakthiar supervisaient la construction d'une nouvelle colonie, leur navette est attaquée par des terroristes mais se retrouvent sauvée par Setsuna F. Seiei et Lockon Stratos. Mais pendant ce temps un nouvel ennemi approche et il pourrait bien menacer toute l'humanité.
