Quatre années ont passées depuis la défaite de Celestial Being contre les forces des Nations Unies. L'humanité est maintenant unie sous la bannière de la Fédération. Pour préserver cette unité, le gouvernement fédéral a créé une force de sécurité autonome appelée A-Laws. Cependant, le public ignore qu'au nom de l'unité des nations, cette discrète organisation abuse de son pouvoir et de tactiques inhumaines pour opprimer les libertés, un mouvement de résistance appelé Kataron est né de cette oppression.Setsuna, qui a survécu à son combat contre Graham Aker, va de nouveau rejoindre les rangs de Celestial Being aux commandes du Gundam 00 et continuer la bataille pour créer un monde de paix.
