L'histoire se déroule lorsque le docteur Mima Murao meurt chez lui. Key l'androide du docteur le retrouva mort après le lycée. Avant, il lui avait dit que s'il mourrait, elle mourrait avec lui. C'est à ce moment la que l'assistant du docteur Mima, Tomoyo Wakagi lui annonça les dernière paroles du défunt. Key pourrait devenir humaine que si elle trouverait 30 000 amis qui penseront et qui pleureront pour sa cause. Si elle réussit, elle serra humaine pour toujours.
