Après la mort de sa mère par les mains du terrible Comte Mécanique, le jeune Tetsuro est devenu un délinquant qui ne rêve que de vengeance. Tetsuro vit dans un monde futuriste où les humains ont la possibilité de traverser l'univers dans le but d'acquérir un corps métallique qui les rendrait immortels. Il souhaite amasser assez d'argent pour monter à bord du Galaxy Express 999, un train roulant dans la mer d'étoiles qui l'emmènera sur la planète des robots. Un jour, alors qu'il échappait à la police, après avoir volé un billet de train, il fit la rencontre de Maetel qui ressemble à sa défunte mère. Elle lui offre un billet pour qu'il puisse monter à bord du train, et ainsi obtenir un corps mécanique et de prendre sa revanche sur l'assassin de sa maman. Au cours de leur voyage, Maetel et Tetsuro rencontreront beaucoup de personnes, dont Harlock (Albator en VF) et Queen Emeraldas. Mais Tetsuro n'a pas fini de se poser des questions à propos de l'immortalité...
