Genshiken est assez inhabituel car il n'y a pas d'intrigue à proprement parler. L'accent est porté sur des sujets ayant pas ou peu d'importance pour quelqu'un de "normal", c'est-à-dire un non-otaku, mais vitaux pour les otaku. La série montre les progrès de deux individus : Sasahara Kanji, un membre en puissance de Genshiken pas encore tout à fait un otaku, et Kasukabe Saki, une non-otaku essayant désespérément de faire sortir son copain du club. Chaque épisode présente généralement une facette des activités de Genshiken. Par exemple, nous trouverons des épisodes où les membres vont au ComiFes, à Akihabara, dans la chambre de Kosaka, ou à un cosplay. Les épisodes ne présentant pas les activités de Genshiken concernent pratiquement toujours Kasukabe Saki, montrant comment elle essaie de comprendre, pour finalement rejeter, le monde otaku. Genshiken traite tous ces aspects des otaku sur un ton mordant et humoristique, dans lequel on ressent un mélange de critique et d'admiration. Il existe néanmoins un fil conducteur dans toute la série, impliquant Kasukabe Saki, qui n'est pas une otaku mais assiste régulièrement aux activités du club. D'une certaine manière, nous pouvons dire que c'est elle le personnage principal de Genshiken.
