Dans un univers alternatif, où Nagisa n'existe pas, Okazaki Tomoya et Sakagami Tomoyo sont amoureux l'un de l'autre. Mais cette relation ne plait pas à tout le monde. Tomoyo, devenue présidente du conseil des étudiants pour sauver les cerisiers est, en plus d'être très occupée avec le conseil des étudiants, contrainte aux mauvaises rumeurs concernant sa relation avec Tomoya, vu comme un délinquant à la mauvaise réputation par tous. Leur relation sera soumise à la distance et à la société, résistera-t-elle ?
