La série reprend où la saison 1 s'était arrêtée. Bien qu'il soit arrivée quelques mésaventures à Yozora Mikazuki lors des vacances d'été, le club Rinjubu continue ses activités dans le but de se découvrir et de se faire des amis. Yozora et Kodaka Hasegawa essaient tant bien que mal de cacher leur passé commun aux autres, mais Sena Kashiwazaki commence à avoir des soupçons. Un jour, une étrange nonne débarque au club et taquine la jeune Maria Takayama. Qui est vraiment cette personne et que veut-elle ?
