Cela fait un mois que Fuwa Mahiro a disparu. Celui-ci est parti à la recherche du meurtrier de sa sœur, Fuwa Aika, morte un an plus tôt, abandonnant alors son meilleur ami, Tagigawa Yoshino. Au moment même où Yoshino se fait attaquer par une surprenante jeune femme nommée Evengeline Yamamoto, Mahiro réapparaît pour le sauver tout en l'embarquant dans le conflit des mages du clan Kusaribe. Ce clan, vénérant l'arbre des origines, veut ressusciter l'arbre de la destruction… C'est avec l'aide de la princesse du clan, Hakaze Kusaribe alors isolée sur une île déserte, qu'ils se battent pour sauver le monde. Sachant que le véritable but de Mahiro est la vengeance, alors qu'en est-il de celui de Yoshino ?
