Shintarô Kisaragi est un hikikomori depuis deux ans, c'est-à-dire qu'il n'est pas sorti de chez lui depuis deux ans. Il occupe ses journées grâce à son ordinateur, devenu son seul lien avec le monde extérieur. Le seul être avec qui il communique régulièrement est ENE, un drôle de programme informatique qui s'est installé dans son PC après qu'il ait ouvert un e-mail. Un jour, alors que ENE le taquinait comme à son habitude, Shintarô s'énerve et renverse accidentellement sa boisson sur son clavier, le rendant inutilisable. Et pour couronner le tout, cela se passe durant la Obon Week. Le jeune homme se retrouve alors face à un choix cornélien : commander un nouveau clavier et attendre la livraison 5 jours ou sortir s'en acheter un nouveau lui-même. Bon gré, mal gré, il finit par se décider à sortir, mais comme ce n'est vraiment pas son jour, il se retrouvera pris en otage par un groupe de terroristes. C'est là qu'il rencontrera deux jeunes garçons aux pouvoirs mystérieux.
