L'histoire de Magi est en partie inspirée des fameux contes & légendes des mille et une nuits. Cette saison 2 fait directement suite aux événements de la saison 1, elle adapte l'arc Magnostadt. Aladdin, Alibaba, Morgiana et Hakuryuu ont enfin réussi à vaincre leurs ennemis et à sortir du Labyrinthe de Zagan et prennent un repos bien mérité à Sindria. Cependant, après la mort de Dunya, Aladdin décide d'aller enquêter seul à Magnostadt, le pays des mages. Lorsqu'il annonce la nouvelle au groupe, tous envisagent alors leur propre voyage : Hakuryuu doit rentrer dans son pays, tout comme Morgiana, qui souhaite voir au moins une fois sa terre natale de ses propres yeux. Seul Alibaba ne sait pas trop où aller, mais il finit par se décider à partir également, afin de pouvoir enfin créer son équipement djinn complet.
