Cette seconde saison reprend là où la première s'est arrêtée. Les 5 pilotes de Valvrave de l'Académie sont désormais connus. Les Valvraves 1, 3, 4, 5 et 6 sont donc opérationnels. Mais pourront-ils vaincre Cain, redoutable membre de l'armée de Dorssia et maître de L-Elf? Ce dernier a en effet réussi à prendre possession du Valvrave 2, que L-Elf pensait inutilisable. Mais Cain se révèle vite être un Magius, un des être qui gouverne le monde tout en restant dans l'ombre.
