Le film se divise en plusieurs parties : une introduction reprenant l'histoire des parents de Tohru, Kyôko et Katsuya ; une compilation de la série TV ; un épilogue inédit écrit spécialement pour le film. Alors qu'elle est encore au collège, Kyôko fait partie de ces jeunes filles que la société considère comme "perdues" : elle ne va pratiquement plus en cours, participe à des bagarres de rue, etc. Un jour, alors qu'elle se rend au collège pour la première fois depuis des semaines, elle est intriguée par un jeune professeur stagiaire : Katsuya Honda.
