Dans un temple de Tokyo, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartenaient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui avait déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, traîne sur cette affaire et ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes. Dans ce climat de confusion, Conan débarque à Kyôto accompagné de Kogoro, Ran et Sonoko voir Heiji et Kazuha. Heiji et Conan s'allient une fois de plus pour prendre l'affaire en main et vont faire de telles découvertes... qu'ils seront la cible du tueur...
